2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。 新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达神奥地区，并在那里和小刚再度会合。机缘巧合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅行，展开了新的旅程。 《神奇宝贝珍珠&钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视进行转播，网络上能够找到前105集的国语配音。
演员：石田彰 丰口惠美 鸟海浩辅 田中理惠 绿川光 能登麻美子 坂本真绫 绪方惠美 神奈延年 小野坂昌也 泽城美雪 堀秀行 增谷康纪 山本兼平 岛田敏 折笠富美子 小松由佳 野岛健儿 三浦祥朗 私市淳 前田爱 种崎敦美 中岛唯 樱川惠 山崎惠理 高桥伸也 三宅麻理惠 福沙奈恵 田之中勇
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