神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
演员：石田彰 丰口惠美 鸟海浩辅 田中理惠 绿川光 能登麻美子 坂本真绫 绪方惠美 神奈延年 小野坂昌也 泽城美雪 堀秀行 增谷康纪 山本兼平 岛田敏 折笠富美子 小松由佳 野岛健儿 三浦祥朗 私市淳 前田爱 种崎敦美 中岛唯 樱川惠 山崎惠理 高桥伸也 三宅麻理惠 福沙奈恵 田之中勇
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演员：岛本须美 二又一成 千叶繁 青木和代 三田友子 堀川亮 渊崎由里子 神谷明 鹤广美 庄真由美 榊原良子 大竹宏 矢田稔 若本规夫 古川登志夫 富山敬 京田尚子 富田耕生
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