应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！ 故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……
演员：石田彰 丰口惠美 鸟海浩辅 田中理惠 绿川光 能登麻美子 坂本真绫 绪方惠美 神奈延年 小野坂昌也 泽城美雪 堀秀行 增谷康纪 山本兼平 岛田敏 折笠富美子 小松由佳 野岛健儿 三浦祥朗 私市淳 前田爱 种崎敦美 中岛唯 樱川惠 山崎惠理 高桥伸也 三宅麻理惠 福沙奈恵 田之中勇
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演员：岛本须美 二又一成 千叶繁 青木和代 三田友子 堀川亮 渊崎由里子 神谷明 鹤广美 庄真由美 榊原良子 大竹宏 矢田稔 若本规夫 古川登志夫 富山敬 京田尚子 富田耕生
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